“细胞”浙大团队研发新型化学重编程体系，助力探索细胞命运重塑机制，有望实现再生修复和抗衰老

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来源：DeepTech深科技

日前，浙江大学祝赛勇团队通过大规模的小分子筛选，对重编程步骤加以进一步细分，让化学重编程的速率得到大幅提升，甚至接近转录因子重编程的速率，借此提供了一个全新的快速化学重编程体系（FCR，fast chemical reprogramming）。

一方面，这有助于探索化学重编程乃至细胞命运重塑的机制；另一方面，他们也成功找到多个调控细胞命运转换的小分子药物，从而有望用于再生、抗纤维化甚至抗衰老。其中，FCR 的建立能够极大加速对于细胞命运决定与转换分子机制的研究。

多能性重编程作为细胞命运调控的核心体系，对其进行深入研究和理解，可以揭示细胞命运决定与细胞命运转换的底层逻辑，从而破解细胞身份密码、逆转发育时钟，有望实现多重应用场景。

就重编程技术本身而言，此次筛选出来的小分子有望促进人细胞化学重编程或其他细胞类型之间的转变，从而帮助获得效率更高、质量更高的种子细胞或功能细胞，进而用于再生医学、疾病建模和药物筛选。

此外，就小分子本身而言，其中一部分小分子或小分子鸡尾酒可以提高细胞的可塑性，故可用于向损伤部位进行局部用药，通过刺激细胞再生来实现治疗目的。同时，基于细胞重编程原理衍生的抗衰老应用也很值得期待。

日前，相关论文发在 Nature Cell Biology。值得一提的是, 同期 Nature Cell Biology 还发表了一篇 News & Views 文章，该文章由国际著名干细胞与再生医学专家胡安·卡洛斯·伊斯皮苏亚·贝尔蒙特（Juan Carlos Izpisua Belmonte）教授撰写，文章题为《诱导多能性的化学快速通道》。文章评论称 FCR 系统为调控再生和返老还童等临床转化提供了重要理论基础和技术支撑。

化学重编程有何不同？

细胞重编程，是细胞生物学和发育生物学的核心科学问题之一，近百年以来，该领域诞生了众多激动人心的划时代科技进展，比如克隆、诱导多能干细胞、化学重编程等。

目前，人们对于细胞重编程分子机理的认知仍然存在很多不清晰的地方。虽然传统转录因子重编程和化学因子重编程的起点和终点是一致的，例如从皮肤细胞重编程到诱导多能干细胞（Induced pluripotent stem cell, iPSC）。

但是，传统转录因子重编程和化学因子重编程两者之间的路径却不尽相同。打个比方，一个人从杭州到北京，既可以通过京杭大运河坐船到达，也可以乘飞机或坐高铁。

转录因子重编程，采用直接过表达外源多能性转录因子的方式，比如 Oct4、Sox2、Klf4、c-Myc 等转录因子。这些转录因子具有结合 DNA 能力，会结合到基因组的很多位点，从而能够关闭起始细胞的基因表达网络，同时能激活内源的多能性基因表达网络，进而实现 iPSC 的诱导。

而化学重编程使用的是靶向信号通路、表观遗传和细胞代谢的化学小分子组合，借此模拟外界环境的刺激，进而逐步激活内源多能性基因表达网络。当利用这种手段时, 细胞的命运重塑较为曲折。也有观点认为，化学重编程与蝾螈等肢体再生过程十分类似。

而该团队提出的快速化学重编程（Fast chemical reprogramming, FCR）体系，其基于更加精准动态的诱导方式，总共采用 6 步法。当采用这种方法时，该课题组观察到很多早期发育相关基因会被激活，进而参与目标细胞的基因激活、以及细胞命运的转换过程，这一过程更加类似于发育程序的细胞身份转变。

化学重编程发展现状如何？

从技术角度而言，化学重编程已被证明是可行的，并且能够用于不同胚层来源细胞或用于不同遗传背景的细胞。

而该团队此次提出的新方法，首次实现并证明化学重编程在速率上能够接近传统转录因子重编程。从机制角度而言，此前已有研究报道过化学重编程的单细胞转录组数据或表观组数据。而本次研究则系统性地整合了转录组学、以及包括多个组蛋白修饰和 DNA 甲基化修饰的表观组学数据，从宏观层面为化学重编程机制研究打下了基础。

然而，由于小分子靶点的多样性以及细胞命运重塑的复杂性，多个小分子组合到底以怎样的方式产生协同作用？以及如何正确地将细胞引向多能性重编程？对于背后的具体机制，学界依然不甚清晰。

目前，化学重编程实验的对象主要是小鼠成纤维细胞，所以该类实验需要在细胞水平进行。由于技术原因、以及动物体内环境的复杂性，当前很难在动物体内实现精准的小分子组合靶向递送。

有意思的是，早年已有学者利用转录因子，在小鼠体内进行部分重编程。另有学者利用病毒载体向小鼠眼部，以特异性的方式实现重编程因子瞬时过表达，从而成功逆转小鼠视网膜神经细胞的衰老，并恢复了衰老小鼠和青光眼小鼠的视力，证明多能性重编程本身具有激活细胞潜能的作用。

那么，类比到化学重编程，或许也能针对衰老或损伤部位，以药物组合靶向递送的方式，来增加细胞的可塑性，从而刺激细胞再生，进而实现原位组织再生。

从国内到国外，跨越 15 年的一系列研究

事实上，早在 2008 年即在诱导多能干细胞（iPSC）技术诞生不久之后，祝赛勇就投身到细胞重编程的化学小分子筛选之中，并于 2010 年在 Cell Stem Cell 上发表论文，率先报道了利用单个转录因子和小分子组合实现细胞重编程的成果。

2015 年，回国建立独立实验室之后，他立马搭建实验平台，就是希望能够建立高效、快速的化学重编程。

2016 年，刚启动筛选测试的时候，他和团队就遇到一个棘手难题。实验所需的细胞严重不足，于是他们赶紧从外部公司购买 Oct4-GFP 小鼠。然而当他们第一次取出成纤维细胞并进行化学重编程时，却几乎没有出现荧光，这让课题组既着急又困惑。

一开始，他们怀疑是技术不稳定的原因。后来，才发现相比 OG2 品系小鼠，Oct4-GFP 品系小鼠由于报告基因拷贝数较少的原因，因此荧光会弱很多。

但在当时他们已经开始进行大规模小分子筛选，原有的 OG2 成纤维细胞数量告急，眼看着课题即将停滞。后来经过多方努力，他们才解决了细胞来源问题。

时间很快来到 2018 年，当时课题已经取得了不错进展。这时，重编程的优化已经接近 14 天。与此同时，也面临竞争压力。

“好在课题组一起积极调整心态，坚持自己的步伐，又经过一年的筛选和优化，建立了时间周期为 12 天的体系。这时，大家反而沉下心，又花了大半年时间，尝试了所有能做的测试和优化，才建立了目前时间周期最快为 1 周的 FCR 体系。”祝赛勇说。

再生研究，永无止境

除本次成果之外，该团队在过去也积累了不少其他成果。课题组还表示：“近年来，我们实验室深耕化学重编程领域，在 Nature Cell Biology、EMBO J、PNAS 上连发多篇论文。下一步我们将集中精力，针对在这些研究中最新筛选的多个小分子，对其作用机制进行探究。”

与此同时，该团队在干细胞基因编辑和胰岛前体细胞高效扩增及分化（ePP-islet）上也取得了一些进展，相关论文此前相继发表在 Science 子刊和 Nature 子刊。

在这一系列研究中，课题组采用了多种筛选方法，一方面他们参考已有文献中报道的小分子，另一方面则大规模地自行筛选小分子文库。

目前，利用直接模仿转录因子的方法，来设计化学小分子依旧比较困难。不过，利用化学小分子直接或间接调控转录因子，是一个可行的有效方案。例如，利用小分子可以直接激活内源转录因子，从而促进化学重编程。

在实践中，尽管广谱盲选的手段既耗时又耗力，不过这依然是目前比较有效的手段，并能帮助发现一些有趣的分子机制。

未来，随着人工智能、虚拟筛选等新技术的发展，必将助力实现通量更高、效率更高的小分子高通量筛选。

可以想象的是，将来只需从病人身上取少量血液细胞，利用快速化学重编程技术，即可将其转变成可无限扩增的种子细胞，甚至可以通过基因编辑技术进行改造，再定向分化到具备生理功能的胰岛，从而有望治愈糖尿病。

整体来看，细胞重编程是一个非常神奇的生物学过程，蕴含着无限潜能，但是仍有很多未解的奥秘。再生和返老还童，是古老而又永恒的人类梦想与追求，这条道路永无止境，等待科学家们进一步的探索。

1.Chen X, Lu YK, Wang LY, Ma XJ, Pu JQ, Lin LY, Deng Q, Li YH, Wang WY, Jin Y, Hu ZS, Chen G, Jiang LL, Wang H, Zhao XY, He XY, Fu JF, Russ HA, Li W, Zhu SY. A fast chemical reprogramming system promotes cell identity transition through a diapause-like state (2023）. Nature Cell Biology 25: 1146-1156.

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4.Ma XJ, Cao J, Zhou ZY, Lu YK, Li Q, Jin Y, Chen G, Wang WY, Ge WY, Chen X, Hu ZS, Shu X, Deng Q, Pu JQ, Liang CZ, Fu JF, Liu JZ, Zhu SY. N6-methyladenosine modification-mediated mRNA metabolism is essential for human pancreatic lineage specification and islet organogenesis (2022). Nature Communications 13: 4148.

5.Wang WY, Ren SF, Lu YK, Chen X, Qu JJ, Ma XJ, Deng Q, Hu ZS, Jin Y, Zhou ZY, Ge WY, Zhu YB, Yang NN, Li Q, Pu JQ, Chen G, Ye CQ, Wang H, Zhao XY, Liu ZQ, Zhu SY. Inhibition of Syk promotes chemical reprogramming of fibroblasts via metabolic rewiring and H2S production (2021). The EMBO Journal 40: e106771.

6.Ma XJ, Chen X, Jin Y, Ge WY, Wang WY, Kong LH, Ji JF, Guo X, Huang J, Feng XH, Fu JF, Zhu SY. Small molecules promote CRISPR-Cpf1-mediated genome editing in human pluripotent stem cells (2018). Nature Communications 9: 1303.

7.Zhu SY, Li WL, Zhou HY, Wei WG, Ambasudhan R, Lin TX, Kim J, Zhang K, Ding S. Reprogramming of human primary somatic cells by OCT4 and chemical compounds (2010). Cell Stem Cell 7: 651–55.

排版：朵克斯

好了，关于浙大团队研发新型化学重编程体系，助力探索细胞命运重塑机制，有望实现再生修复和抗衰老就讲到这。