布里斯托尔，CNR和甲骨文加入热带病

布里斯托尔大学的科学家，格勒诺布尔和甲骨文中的CNRS已经联盟，识别候选人综合疫苗，抵御蚊子疾病，Chikungunya。

这种致命疾病没有疫苗，它在法国和意大利以及它的热带地带中出现。

Phil Bates，甲骨文中的云创新建筑师，以及布里斯托大学计算机科学的荣誉教授，叙述了Imre Berger，Themax Planck-Bristol Center的总监Bristol Centry，以2018年中期来到了供应商，山区数据该团队希望分析以确定病毒的疫苗候选者。

它们的数据来自冷冻电子显微镜，但它是“服用的是生产精确的模型”，这需要“数量的计算量”。

然而，所产生的甲骨文和大学科学团队的系统涉及大量的大量计算 - 它是关于屈曲基础设施，即适用于科学项目工作流程中的每个阶段。

“我们构建的平台弹性意味着我们在过程的每个阶段都有最佳的硬件。基本上，所需的硬件是在飞行中组成的，使得能够快速和低成本执行的工作流程，“Bates说。

布里斯托尔大学的国际科学家队和弗伦文国家科学研究中心（CNRS）在格勒诺布尔队伍上致力于该项目，已发出疫苗，该疫苗可储存在温暖的温度下，除去需要制冷。

该项目的调查结果最近发表在“科学”期刊上，揭示了Chikungunya疫苗候选人的结果，该疫苗候选人使用了​​合成的“蛋白质脚手架”设计。

Chikungunya，一种受感染的蚊子咬合传播的病毒，通常会导致瘫痪的头痛，呕吐，肢体肿胀，可以导致死亡。即使发烧突然结束，慢性症状如强烈的关节疼痛，失眠和极度虚弱。

以前仅限于撒哈拉以南非洲，Chikungunya最近在全球范围内传播，因为它的蚊子宿主由于森林砍伐和气候变化而留下了自然栖息地。

CNRS在CNRS的病毒学家帕斯卡挡泥板在新闻发表中表示：“我们正在使用形成类似病毒的多聚体颗粒的蛋白质，但完全安全，因为它没有内部的遗传物质。偶然，我们发现即使在没有冷藏的数月后，这种粒子也非常稳定。“

Max Planck-Bristol Centre的Berger说：“该颗粒具有非常柔韧的暴露表面，可以容易地设计。我们可以将我们可以插入小型，无害的Chikungunya，以产生类似病毒的模仿，我们可能会用作疫苗。“

为了验证他们的设计，科学家们使用了一项最近安装在布里斯托尔的显微镜工厂的技术，该研究是该研究的共同作者的Chychristiane Schaffitzel。

Cryo-EM产生非常大的数据集，可以从近原子分辨率确定样品的结构，需要大规模的平行计算。

使用Oracle的云基础设施，研究团队开发了一种新颖的计算方法来创建“合成疫苗的准确数字模型”。

布里斯托尔大学IT专业人士智利木材和威廉姆斯，与Oracle的开发人员一起，在云上实施了软件包。

“我们能够在一小部分时间内处理显微镜在云上获得的大数据集，并且比以前认为可能的成本低得多，”树林说。

Oracle的Bates表示该项目已自由访问Oracle的Gen 2云基础设施。“通常，这些研究人员将与其他科学家分享本地高性能计算资源。在这里，它是关于优化工作流程，缩放资源，然后继续前进，“他说。

虽然在描述实验的科学推进纸上，但Bates是由背景，而不是生物学家的物理学家和计算机科学家。

尽管如此，他认为这种计算风格开辟了“合成生物学的新前沿，建立模拟，准确地模拟生物学如何工作 - 基本上是数字化的生物学。例如，当有新的流感病毒时，您可以更快地回应该流感病毒。“

作为供应商，Oracle来自此类合作的福利，表示，在“Pharma的下游应用程序中，例如”。

“我们学会在易用性方面进行云平台的变化。例如，在这个项目中，我们开发了能力，对于科学家来说，能够以编程方式了解他们在工作流程的每个阶段所需的计算量，“他补充道。