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◎ 蒋朝常 科技日报记者 吴纯新
近日,华中农业大学张建伟教授课题组联合国内外高校与科研团队,以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为对象,构建并全面分析基因组倒位图谱,建成了世界上首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。相关研究成果已在《自然·通讯》与《分子植物》发表。
图片来源:视觉中国张建伟介绍,全球有约五百万份水稻种质及其野生近缘种,这些资源的基因组变异中(单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等)蕴藏着品种改良的重要信息,对其开展基于泛基因组的多组学研究具有重要意义。
水稻基因索引数据库能为用户提供丰富的模块和工具,方便研究人员对不同种质基因以及基因同源关系进行查询、分析和可视化,为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。
该平台为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”,实现不同功能和常用数据库之间的快速链接,记录包括OGI、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息,并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。
研究人员可以通过关键词、序列、同源关系等三种方式在数据库中进行搜索,并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化。
来源:科技日报
编辑:王宇
审核:朱丽
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